Наиболее заметные изменения в Fedora 25:

• Пользовательское окружение основано на GNOME 3.22 c поддержкой группового переименования в файловом менеджере, переработанной системой настройки клавиатуры, обновлённым оформлением интерфейса и другими улучшениями;
• По умолчанию предложен сеанс GNOME на базе Wayland. Поддержка сеанса на базе X11 сохранена в качестве опции;
• В дистрибутив встроена поддержка декодирования формата MP3. Поддержка кодека MP3 обеспечена через функцию загрузки плагина в интерфейсе GNOME Software и через установщик недостающих кодеков, интегрированный в различные приложения на базе GStreamer. Поддержка реализована через библиотеку mpg123 и соответствующий плагин GStreamer;
• Представлен новый интерфейс для создания загрузочных носителей Fedora Media Writer, который пришёл на смену liveusb-creator. Fedora Media Writer написан на С++ и позволяет просто выбрать, загрузить и записать на Flash интересующую пользователя сборку или спин, после чего подготовленный носитель можно использовать в Live-режиме или для стационарной установки;
• Прекращена проверка совместимости расширений к GNOME Shell с текущей версией GNOME. Подобная привязка была добавлена во времена бурного развития ранних версий GNOME 3, когда интерфейс от версии к версии значительно менялся. Сейчас интерфейс стабилизирован и проверка версии потеряла актуальность, так как существующие расширения в основном остаются работоспособными в новых выпусках GNOME;
• В менеджере установки приложений улучшена поддержка Flatpak, системы самодостаточных пакетов графических приложений, которые не привязаны к конкретным дистрибутивам Linux и выполняются в специальном контейнере, изолирующем приложение от остальной системы. В интерфейс встроена возможность установки, удаления и обновления пакетов в формате Flatpak;
• Из состава минимального образа корневой файловой системы исключен интерпретатор языка Perl;
• В систему ввода IBus добавлена поддержка ввода Unicode-символов Emoji через нажатие комбинации Ctrl-Shift-e и названия символа, например "Ctrl-Shift-e-smiley";
• По умолчанию в systemd включен режим "KillUserProcesses=yes", при котором после выхода пользователя осуществляется принудительное завершение всех процессов, запущенных в рамках закрываемого сеанса (дополнение: активация KillUserProcesses не вошла в релиз и отложена до Fedora 26);
• UDisks2 заменён на Storaged, предоставляющий унифицированный D-Bus API для управления LVM2, iSCSI, Btrfs, BCache, LSM и ZRam;
• В Koji добавлены средства для генерации установочных образов для различных архитектур;
• Добавлена возможность простого переключения между интегрированным GPU и дискретной видеокартой на ноутубках;
• Прекращена поддержка RSA-ключей, размером менее 1024 бит;
• Для упрощения тестирования проектов на языке Python, кроме ранее предлагаемых штатных выпусков языка Python (3.5 и 2.7), добавлена возможность установки из репозиториев веток Python 3.4, 3.3 и 2.6. В репозиториях также продолжена поставка реализаций PyPy, PyPy3 и Jython;
• В состав включен компилятор языка программирования Rust и связанный с ним пакетный менеджер Cargo;
• Обновлены версии пакетов: PHP 7.0, Ruby on Rails 5.0, GHC (Haskell) 7.10, Perl 5.24, Node.js 6, Erlang 19, Go 1.7, Glibc 2.24, Docker 1.12, Node.js 6.
• В Cockpit добавлен модуль для диагностики проблем, возникающих из-за использования SELinux. В случае возникновении блокировки в SELinux, модуль отображает информацию о проблеме и предлагает метод для её устранения, если блокировка совершена по ошибке, избавляя администратора от анализа лог-файлов;
• Обеспечен показ хостовых SSH-ключей на экране системного приглашения, что позволяет держать перед глазами и контролировать используемые SSH-ключи;
• Добавлена возможность использования двухфакторной аутентификации;
• Обновлена реализация контроллера домена, построенная на базе выпуска FreeIPA 4.4;
• Fedora Atomic Host, атомарно обновляемое окружение, предоставляющее минимальный набор компонентов (systemd, journald, docker, geard и т.п.), необходимых для запуска и управления изолированными контейнерами или виртуальными машинами, вошло в число трёх основных редакций Fedora, заменив собой Fedora Cloud;
• Обеспечена поддержка устройств Raspberry Pi 2 и 3;
• Спин на базе рабочего стола MATE переведён на GTK3+ и версию MATE 1.16.

Одновременно для Fedora 25 введены в строй "free" и "nonfree" репозитории проекта RPM Fusion, в которых доступны пакеты с дополнительными мультимедиа приложениями (MPlayer, VLC, Xine), видео/аудио кодеками, поддержкой DVD, проприетарными драйверами AMD и NVIDIA, игровыми программами, эмуляторами.

Кроме того, подготовлены сборки редакции Russian Fedora Remix 25, адаптированной для отечественных пользователей и содержащей "из коробки" полный набор мультимедиа кодеков и проприетарных драйверов. Дистрибутив включает мультимедийные кодеки, Adobe Flash, проприетарные драйверы для видеокарт NVIDIA, версию Freetype с поддержкой субпиксельного рендеринга и хинтинга, вариант Fontconfig с патчами для улучшения качества отображения на LCD мониторах, вариант Taglib с поддержкой тегов в кодировке CP1251, Chromium с поддержкой GTK3 и кодеков. Как и в Fedora 25 Workstation в отечественной сборке GNOME по-умолчанию работает поверх Wayland.