ProteanOS не является ответвлением от других дистрибутивов и развивается обособленно. Основная цель дистрибутива - достижение как можно более компактного размера. По умолчанию устанавливаются только самые необходимые приложения и библиотеки, каждый пакет максимально урезан и собран включением возможных оптимизаций. Для установки системы, управления пакетами и выполнения управляющих команд развивается пакет prokit, который по решаемым задачам близок к программам debootstrap, pbuilder и sbuild из состава Debian.

Дистрибутив комбинирует простоту установки бинарных дистрибутивов с гибкостью систем, использующих сборку из исходных текстов: предоставляемый в ProteanOS конфигуратор платформы даёт возможность настройки бинарных пакетов как на этапе сборки, так и при их выполнении, позволяя учитывать особенности различного оборудования и областей применения дистрибутива. В частности, одной из наиболее интересных областей является установка дистрибутива в качестве прошивки для ноутбуков и других типов устройств. В том числе, разработчики дистрибутива сотрудничают с проектом Libreboot по вопросам использования ProteanOS как части системы загрузки на устройствах, совместимых с Libreboot.

Основные требования к полностью свободным дистрибутивам:

• Включение в состав дистрибутива ПО с одобренными FSF лицензиями;
• Недопустимость поставки бинарных прошивок (firmware) и любых бинарных компонентов драйверов;
• Непринятие неизменяемых функциональных компонентов, но возможность включения нефункциональных, при условии разрешения копировать и распространять их в коммерческих и некоммерческих целях (например, CC BY-ND-карты к GPL-игре);
• Недопустимость использования торговых марок, условия использования которых мешают свободному копированию и распространению всего дистрибутива или его части;
• Соблюдение лицензионной чистоты документации, недопустимость документации, рекомендующей установку проприетарного ПО для решения определённых задач.

В настоящее время помимо ProteanOS в список полностью свободных дистрибутивов GNU/Linux включены следующие проекты:

• gNewSense - основан на пакетной базе Debian GNU/Linux и развивается Фондом СПО при личном участии Ричарда Столлмана;
• BLAG - свободная редакция Fedora Linux;
• Dragora - независимый дистрибутив, пропагандирующий идею максимального упрощения;
• Dynebolic - специализированный дистрибутив для обработки видео и аудио данных;
• Parabola GNU/Linux - дистрибутив, основанный на наработках проекта Arch Linux;
• Musix GNU+Linux - основанный на Knoppix дистрибутив, предназначенный для создания и обработки звука;
• Trisquel - основанный на Ubuntu специализированный дистрибутив для небольших предприятий, домашних пользователей и образовательных учреждений;
• Ututo - GNU/Linux дистрибутив, построенный на базе Gentoo.
• LibreWRT - дистрибутив для беспроводных маршрутизаторов, основанный на наработках проекта OpenWRT.
• libreCMC (libre Concurrent Machine Cluster), специализированный дистрибутив, рассчитанный на использование во встраиваемых устройствах, таких как беспроводные маршрутизаторы.
• Guix - основан на пакетном менеджере Guix и системе инициализации GNU dmd, написанными на языке Guile (одна из реализаций языка Scheme), который также используется и для определения параметров запуска сервисов.