Развиваемая проектом пользовательская оболочка Atom построена на основе технологий GNOME и реализована через набор дополнений к GNOME Shell, исходные тексты которых доступны под лицензией GPLv3. Входящие в состав окружения дополнения не привязаны к конкретной версии GNOME и могут работать с базовыми компонентами GNOME 3.10-3.16. Ключевыми элементами интерфейса является док atom-dock, панель atom-panel, интерфейс запуска программ atom launcher, рабочий стол atom-workspaces. В оформлении используются собственные визуальные темы для GTK и GNOME Shell, а также оригинальный набор пиктограмм. Интерфейс запуска программ отличается выводом приложений общим списком без разделения на категории, но с сортировкой по частоте запуска программ.

Из включенных в базовый состав приложений можно отметить браузер Chromium, файловый менеджер Nautilus, видеопроигрыватель GNOME Videos, музыкальный проигрыватель Tomahawk, просмотрщик изображений gThumb, конфигуратор GNOME System Settings, менеджер приложений GNOME Software. Для любителей игр из коробки доступен клиент Steam и инструмент для быстрой установки видеодрайверов и игровых платформ.