Среди новшеств, представленных в GNOME 3.16:

• Новая тема оформления GNOME Shell, которая была переписана с использованием CSS-препроцессора SASS и отличается более активным совместным использованием кода с GTK+ темой Adwaita. В новой теме также обеспечено совместное использование единого кода декорирования окон на серверной и клиентской стороне;
• Новая реализация системы вывода уведомлений. Разработчики попытались решить задачу увеличения полезности и заметности уведомлений, исключив при этом применение навязчивых методов, отвлекающих пользователя от работы. Новая всплывающая область уведомлений вместо списка пиктограмм источников уведомлений теперь сразу выводит блоки уведомлений, элементы в которых сгруппированы по типам и отсортированы по времени поступления. В отличие от ранее применяемой системы, уведолмения в GNOME 3.16 всплывают в верхней части экрана, а список непросмотренных уведомлений совмещён с интерфеймом просмотра календаря - отдельный лоток с сообщениями упразднён, старые уведомления можно просмотреть кликнув на дату и время.

  Изменился и способ вывода панели уведомлений: при попадании курсора в верхнюю часть экрана область уведомлений не всплывает заслоняя остальное содержимое, а лишь отображает свое присутствие, требуя для вывода явного клика. Хранитель экрана модернизирован для отображения уведомлений, поступивших во время, пока пользователь отсутствовал за компьютером.

  
• В GNOME Software, интерфейс для управления установкой приложений, интегрированы функции установки мультимедийных кодеков;
• Экран входа в систему переведён на работу поверх Wayland. Для систем без поддержки Wayland оставлен запасной fallback-режим, использующий X11. Напомним, что в Fedora 22 экран входа в систему по умолчанию будет использовать Wayland, в то время как переход самого GNOME по умолчанию на Wayland запланирован на Fedora 23.
• Представлен новый интерфейс просмотрщиков документов (Evince) и изображений (Eye of GNOME);
• Модернизирован интерфейс файлового менеджера Nautilus. Традиционное меню заменено на меню, вызываемое через единую кнопку в заголовке окна (popover).

  Операции удаления файлов теперь могут быть отменены непосредственно из уведомления.

  
• В Центр управления (control-center) и конфигуратор gnome-initial-setup, вызываемый при первом запуске после установки, добавлен экран для настройки приватности. В частности, можно сразу отключить сервисы, связанные с определением местоположения, и автоматическую отправку отчётов об ошибках;
• Новое приложение для чтения и управления коллекцией электронных книг (gnome-books). Пока поддерживаются форматы ePub и PDF.
• Новое приложение (gnome-battery-bench) для отслеживания энергопотребления ноутбука, позволяющее наглядно оценить время работы системы в автономном режиме.
• Добавлено несколько новых небольших приложений, среди которых карта символов, календарь-планировщик, игра-головоломка GNOME Taquin.