В качестве системы инициализации используется сервисный менеджер GNU dmd, развиваемый как альтернатива SysV-init с поддержкой зависимостей. Управляющий демон и утилиты dmd написаны на языке Guile (одна из реализаций языка Scheme), который также используется и для определения параметров запуска сервисов. Пакетный менеджер GNU Guix основан на наработках проекта Nix и кроме типичных функций управления пакетами поддерживает такие возможности, как выполнение транзакционных обновлений, возможность отката обновлений, работа без получения привилегий суперпользователя, поддержка привязанных к отдельным пользователям профилей, возможность одновременной установки нескольких версий одной программы, средства уборки мусора (выявление и удаление неиспользуемых версий пакетов). Пакеты оформляются в виде контейнеров, содержащих все необходимые для работы приложений компоненты и позволяющие запустить приложение без оглядки на состав базового системного окружения.

В настоящее время помимо Guix в список полностью свободных дистрибутивов GNU/Linux включены следующие проекты:

• gNewSense - основан на пакетной базе Debian GNU/Linux и развивается Фондом СПО при личном участии Ричарда Столлмана;
• BLAG - свободная редакция Fedora Linux;
• Dragora - независимый дистрибутив, пропагандирующий идею максимального упрощения;
• Dynebolic - специализированный дистрибутив для обработки видео и аудио данных;
• Parabola GNU/Linux - дистрибутив, основанный на наработках проекта Arch Linux;
• Musix GNU+Linux - основанный на Knoppix дистрибутив, предназначенный для создания и обработки звука;
• Trisquel - основанный на Ubuntu специализированный дистрибутив для небольших предприятий, домашних пользователей и образовательных учреждений;
• Ututo - GNU/Linux дистрибутив, построенный на базе Gentoo.
• LibreWRT - дистрибутив для беспроводных маршрутизаторов, основанный на наработках проекта OpenWRT.
• libreCMC (libre Concurrent Machine Cluster), специализированный дистрибутив, рассчитанный на использование во встраиваемых устройствах, таких как беспроводные маршрутизаторы.

Основные требования к полностью свободным дистрибутивам:

• Включение в состав дистрибутива ПО с одобренными FSF лицензиями;
• Недопустимость поставки бинарных прошивок (firmware) и любых бинарных компонентов драйверов;
• Непринятие неизменяемых функциональных компонентов, но возможность включения нефункциональных, при условии разрешения копировать и распространять их в коммерческих и некоммерческих целях (например, CC BY-ND-карты к GPL-игре);
• Недопустимость использования торговых марок, условия использования которых мешают свободному копированию и распространению всего дистрибутива или его части;
• Соблюдение лицензионной чистоты документации, недопустимость документации, рекомендующей установку проприетарного ПО для решения определённых задач.