GnuPG 2.1.0 позиционируется как первый выпуск новой кодовой базы, включающей самые свежие разработки. GnuPG 2.0 рассматривается как стабильная ветка, оптимальная для повсеместного использования. GnuPG 1.4 отнесен в разряд классических версий, потребляющей минимальные ресурсы и подходящей для встраиваемых систем. Ветка 2.1 не может быть установлена одновременно с 2.0. Ветка 1.4 может применяться одновременно с выпусками 2.1 или 2.0.

Особенности GnuPG 2.1:

• Поддержка шифрования по эллиптическим кривым (ECC, Elliptic Curve Cryptography). Поддерживаются NIST P-256/P-384/P-521 и Brainpool P-256/P-384/P-512. По умолчанию применяется алгоритм Curve 25519 и схема цифровой подписи с открытым ключом Ed25519, разработанная Дэниэлом Бернштейном;
• Прекращение поддержки устаревших ключей PGP2, не отвечающих современным требованиям к безопасности из-за использования хэшей MD5;
• Прекращено использование файла "secring.gpg" для хранения закрытых ключей. Доступ к закрытым ключам теперь возможен только через gpg-agent, который хранит ключи в директории private-keys-v1.d. Напрямую gpg к закрытым ключам отныне обращаться не может. Добавлена поддержка слияния закрытых ключей;
• Задействован новый формат для локального хранения публичных ключей, обеспечивающий большой прирост производительности для больших таблиц ключей (keyring);
• Упрощён штатный интерфейс генерации ключей (gpg2 --gen-key), который стал более прост для генерации подходящих ключей начинающими пользователями. Для создания ключей теперь можно ввести только имя и email.
• Добавлены команды для создания и подписания ключей из командной строки без дополнительных запросов ввода параметров (например, "gpg2 --batch --quick-gen-key 'Vasyliy Pupkin vasia@example.org' или "gpg2 --quick-sign-key '15CA 723E 2030 A1A8 2505 F3B7 CC10 B501 BD19 AC1C'");
• В Pinentry обеспечена возможность показа полей ввода нового пароля и его подтверждения в одном диалоге;
• Пользователь избавлен от необходимости ручного запуска gpg-agent, который теперь вызывается автоматически из других частей GnuPG;
• Обновлена поддержка смарткарт, добавлена поддержка новых устройств чтения и типов токенов;
• Улучшена обработка пулов серверов ключей (keyserver), используемых для балансировки нагрузки. Кроме распределения запросов на основе DNS в новой версии представлен процесс dirmngr, распределяющий запросы с учётом возможного выхода из строя отдельных серверов (если сервер не отвечает, выбирается другой сервер);
• По умолчанию теперь для всех пар ключей создаётся отзывающий сертификат (revocation certificate);
• Обеспечена возможность использования gpg-agent на платформе Windows в качестве замены Pageant для Putty;
• Улучшен процесс создания сертификатов X.509. Обеспечена возможность экспорта сертификатов X.509 в форматы PKCS#8 и PEM для использования на серверах TLS.