Из поддерживаемых разработчиками Scientific Linux улучшений, относительно пакетной базы RHEL, можно отметить:

• В состав дистрибутива включена научная библиотека SciPy, которую можно использовать для научных, инженерных и математических расчетов, в также для построения графиков и диаграмм, на основе набора статистических данных. Кроме того, состав были включены: пакет визуализации Graphviz; библиотека NumPy, для организации научных расчетов; математическая библиотека FFTW (Fastest Fourier Transform);
• Добавлена библиотека cfitsio с реализацией поддержки формата FITS (Flexible Image Transport System), широко используемого в астрономических исследованиях, для языков Си и FORTRAN;
• Интеграция технологии DKMS (Dynamic Kernel Module Support), позволяющей автоматически перестраивать текущие модули ядра с драйверами устройств после обновления версии ядра. Внедрение DKMS позволит автоматически устанавливать драйверы, которые необходимы для работы определенных аппаратных компонент текущей системы, но отсутствуют в стандартном Linux ядре. Для разработчиков, DKMS предоставляет средства создания драйверов без оглядки на особенности различных версий Linux ядра.
• В состав дистрибутива для драйвера iwlwifi включены дополнительные прошивки (firmware для беспроводных карт Intel серий 1000, 2000, 2100, 5150, 3945, 4965, 5000, 5150 и 6000. Также добавлены драйверы для беспроводных карт Ralink;
• В состав включена утилита 915resolution для модификации видео BIOS для графических карт на базе GPU Intel 845G, 855G, 865G, 915G, 915GM и 945G, что позволяет добиться установки дополнительных разрешений экрана;
• OpenJDK заменен на пакет Sun Java/JDK 1.6.0p26;
• Добавлен оконный менеджер IceWM 1.2.37;
• Добавлена поддержка языков Lua и GNU R (язык для статистических расчетов);
• Поддержка файловой системы XFS для архитектуры x86_64. В программе установки пока нельзя создать XFS раздел, но установить Scientific Linux на ранее созданный XFS раздел можно;
• В состав включен набор обучающих приложений для KDE - KDEEDU;
• В поставку включен код AUFS, альтернативной реализации UnionFS;
• В состав включено несколько дополнительных FUSE-модулей: fuse-smb и fuse-sshfs, для монтирования SMB и SSH
• Вместо консольного почтового клиента Pine используется Alpine 2.02;
• В составе дистрибутива поставляются дополнительные Perl-модули: DBD-XBase, MailTools, Parse-RecDescent, SQL-Statement, TermReadKey, Text-CSV_XS, Text-Template, Tk;
• Добавлены дополнительные мультимедиа кодеки (gstreamer-plugins-extras из SL4 и k3b-extras из репозитория livna);
• Добавлен пакет NdisWrapper, позволяющий использовать в Linux NDIS драйверы из Windows;
• OpenAFS 1.4.14 - открытая реализация распределенной ФС Andrew File System;
• Yum обновлен до версии 3.2.22-33. Добавлена оболочка для управления пакетами Yumex.