Главное нововведение этой версии - система контроля полномочий, позволяющая ограничить не вызывающие доверия приложения, в доступе к личным данным пользователя. В отличие от подобного механизма, реализованного в прошивке CyanogenMod (включается через меню "Настройки CyanogenMod" -> "Приложения" -> "Управление Разрешениями"), WhisperCore не запрещает доступ к указанным типам ресурсов полностью (что часто приводит к падениям приложений), а создает подложный ресурс, который будет содержать фиктивные данные, утечка которых не нанесет вреда пользователю. Так, если приложение запросит IMEI устройства, оно получит фиктивный идентификатор, сгенерированный специально для него. В ответ на запрос в доступе к списку контактов приложение получит пустой список, а вместо настоящих GPS-координат - фиктивные.

Из других механизмов защиты WhisperCore можно отметить шифрование данных пользователя и SD-карты, встроенный межсетевой экран WhisperMonitor, позволяющий регулировать доступ приложений к сетевым функциям в реальном режиме времени и систему резервного копирования FlashBack, сохраняющую зашифрованные данные пользователя в облаке. Кроме того, Whisper Systems занимается разработкой систем шифрования звонков и SMS-сообщений RedPhone и TextSecure (обе доступны в Android Market).

WhisperCore полностью бесплатен для личного использования, но пока доступен только для смартфонов Google Nexus One и Nexus S (установка производится с помощью инсталлятора для Linux, MacOS X и Windows). Для разработчиков приложений доступен SDK.